ε- Polylysin er et lysegult pulver med stærk hygroskopicitet og en let bitter smag. Det er en ligekædet polymer af lysin. Det påvirkes ikke af pH-værdien, er termisk stabilt (120 grader, 20 minutter), og kan hæmme varmebestandige bakterier, så det kan varmebehandles efter tilsætning. Men når man møder sure polysaccharider, hydrochloridsalte, fosfater, kobberioner osv., kan deres aktivitet være reduceret på grund af binding. Når det kombineres med saltsyre, citronsyre, æblesyre, glycin og højere fedtholdige glycerider, har det synergistiske virkninger. Molekylvægt mellem 3600-4300 ε- Polylysin har den bedste antibakterielle aktivitet, og når dens molekylvægt er under 1300, mister ε- Polylysin sin antibakterielle aktivitet. På grund af det faktum, at polylysin er en blanding, har det ikke et fast smeltepunkt og begynder at blive blødt og nedbrydes over 250 grader. ε Polylysin er opløseligt i vand og svagt opløseligt i ethanol. Den infrarøde spektrumanalyse af dens karakterisering viser, at der er stærke absorptionstoppe ved 1680-1640cm-1 og 1580-1520cm-1.